La Facultad de Ciencias Agrarias y Naturales ha vivido un proceso natural enmarcado a los cambios políticos y económicos del Estado Boliviano, entre los que sobresalen los siguientes hitos hasta llegar a la actualidad:
Primer periodo (creación Escuela Práctica 1953-1964)
El origen de la actual Facultad de Ciencias Agrarias y Naturales, se remonta al 18 de diciembre de 1953, año en el que mediante Resolución del Honorable Consejo Universitario se crea la Escuela de Agricultura, como respuesta a la política de la Reforma Agraria, el mismo que requería de profesionales técnicos de apoyo a la producción agropecuaria en el área rural. Inicialmente desarrolló sus actividades en los ambientes del Politécnico Universitario, luego de un año, se trasladó al fundo rústico alquilado en Calapata.
Entre1956-1957, a fin de mejorar el vínculo con el sector rural y ampliar sus actividades se trasladó a la ex hacienda Huayña Pasto Grande, cuya superficie fue de 470 ha, (zona Vinto), el mismo que fue adquirido por la UTO, en estos predios desarrolló sus actividades durante 8 años.
Segundo periodo, Jerarquización de la formación de técnicos (1964-1971)
El 4 de diciembre de 1965, por Resolución del HCU fue fundado el Instituto de Agronomía, dedicado a la formación de peritos agrónomos, con este propósito la UTO adquirió el Fundo Condoriri, el mismo que hoy es el Centro Experimental Agropecuario Condoriri, con una superficie aproximada de 2000 Ha; allá se construyó la primera Estación Experimental de Investigación Agrícola del Departamento de Oruro.
Tercer periodo, Intervención a la Universidad (1971-1983)
En agosto de 1971, como efecto de la intervención de la Dictadura a las universidades, se suspendieron las actividades académicas del Instituto de Agronomía, aunque las actividades productivas agropecuarias continuaron en el Fundo Universitario Condoriri.
A mediados de 1972, las autoridades de la UTO nominadas o nombrados por el Consejo Nacional de Educación Superior (CNES), luego del pedido clamoroso de prestigiosos profesionales de Oruro, crean la carrera de Ingeniería Agronómica del Altiplano, dependiente de la Facultad de Tecnología (hoy la FNI), a fin de formar profesionales a nivel de licenciatura, bajo un sistema semestralizado. Las actividades académicas cesaron por más de un año durante este período.
Cuarto periodo, Creación de la Facultad de Ciencias Agrícolas y Pecuarias (1983)
El 13 de mayo de 1983, mediante Resolución del Honorable Consejo Universitario se crea la Facultad de Ciencias Agrícolas y Pecuarias, ante la necesidad de mejorar la formación profesional a nivel de Licenciatura en Ingeniería Agronómica, bajo un sistema anualizado por las necesidades peculiares de la profesión, dotándose de un plan de estudios y sus reglamentos.
En este periodo se consolidan las cuatro menciones o semi especialidades: Fitotecnia, Zootecnia, Desarrollo Rural e Ingeniería Agrícola; desde luego con el propositivo de formar profesionales idóneos para promover el desarrollo agropecuario en el altiplánico. Inicialmente funcionaba en predios particulares de la Avenida 6 de Octubre y Rodríguez. Y actualmente funciona en sus nuevos ambientes ubicados en la Ciudadela Universitaria (zona sud de la ciudad de Oruro).
Quinto periodo, creación de sub sedes y Unidades Académicas Desconcentradas
El 23 de Marzo de 1993, fue creada la primera sub sede de la Facultad de Ciencias Agrícolas y Pecuarias en la localidad de Challapata, bajo resolución Nro. 12/93 del H.C.U. del 23 de marzo de 1993 provincia Avaroa del departamento de Oruro, inicialmente con el fin de formar técnicos superiores agrónomos con una duración de tres años de estudio. Con administración directa de la facultad; posteriormente el entonces Rector de la UTO Ing. Pablo Zubieta A., mediante Resolución rectoral Nro. 279/95 permite la posibilidad continuar sus estudios a nivel de licenciatura a partir de la gestión 2006.
En la gestión 2006, se crea la Unidad Desconcentrada de Orinoca con el programa de Ingeniería Agronómica, nació como un paralelo más de la Sede de Oruro, de acuerdo a una resolución del HCF del 4 de abril 2006 como sistema semestral el mismo fue autorizado por el H.C.U. mediante la resolución Nro. 15/06 del 6 de Abril del 2006, en la actualidad funciona hasta quinto semestre y se concluye los restantes semestres hasta su titulación en la ciudad de Oruro.
En la gestión 2007, ante un nuevo contexto nacional y regional, y un nuevo escenario político del país, la Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinarias y la Facultad Nacional de Ingeniería, ponen a consideración el Programa Académico Desconcentrado de “Ingeniería en Agroindustrial” en la localidad de Caracollo, el mismo que fue creado por Resolución Rectoral Nº 56/07, en el marco de la Resolución del Honorable Consejo Universitario No.01 /07 de 5 de enero de 2007, que busca implementar la política de la universidad de “EDUCACION SUPERIOR PARA TODOS”, que permitió beneficiar a estudiantes de comunidades rurales, con la premisa de reducir la brecha de pobreza y de oportunidad de estudio entre la ciudad y el campo.
En agosto de 2014 el Honorable Consejo Universitario, de la Universidad Técnica de Oruro, a solicitud de la Facultad de Ciencias Agrarias y Veterinarias ha aprobado el Rediseño Curricular del Programa de Formación Profesional “Medicina Veterinaria Zootecnia” Sub Sede Challapata, el mismo por temas económicos que pasa nuestra Universidad no se pudo implementar principalmente por la baja de los ingresos provenientes del IDH (impuestos Directos de los Hidrocarburos). En diciembre 2015 se aprobó el nuevo rediseño curricular con nueva denominación y programas.